Juan de Yepes, né à Fontiveros, en Vieille-Castille, comme fils de tisserand, rejoignit les carmes à Medina del Campo en 1562. De 1564 à 1567, il étudia la théologie à Salamanque. Influencé par sainte Thérèse de Jésus, il devint sa première "moitié de frère" - selon l'expression de Thérèse, à cause de sa petite taille - dans la première maison masculine de sa réforme carmélitaine, inaugurée en novembre 1568. De 1572 à 1577, il fut confesseur de sainte Thérèse à Avila. Il connut une période douloureuse de mauvais traitements, de calomnies et d'emprisonnement à Tolède (en 1578) jusqu'à ce que les carmes déchaux fussent définitivement séparés des mitigés, en 1581. Jean devint prieur de plusieurs couvents et devint visiteur d'Andalousie, en 1585.
Vers la fin de sa vie, il connut à nouveau des années de grande humiliation, d'incompréhension et de souffrance physique. Oublié, il mourut à Ubeda. Il est surtout célèbre pour ses quatre traités ascétiques et mystiques: La montée du Carmel, La nuit obscure, Le cantique spirituel et La vive flamme d'amour. Ces chefs-d’œuvre de la littérature espagnole constituent un exposé parfait de la mystique catholique.
Canonisé en 1726, il fut déclaré Docteur de l’Église en 1926. Depuis 1952, il est également patron des poètes espagnols.
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